Đến nay, huyện Phú Lộc chưa có trường hợp nào xảy ra dịch bệnh ở gia súc, gia cầm. Về nuôi trồng thuỷ sản, đã xảy ra dịch bệnh đốm trắng ở tôm nuôi với diện tích 28 ha, đã chỉ đạo Đảng uỷ, chính quyền địa phương và Phòng Nông nghiệp và phát triển nông thôn huyện hướng dẫn các hộ nuôi có tôm bị dịch bệnh xử lý triệt để bằng cách dùng Chlorin và vôi rải khoanh vùng, tránh lây lan ra diện rộng. Được như vậy, nhờ công tác tuyên truyền trên đài phát thanh - truyền hình, phát tờ rơi, thông qua lồng ghép các buổi họp dân ở từng địa bàn khu dân cư,…nhằm nâng cao ý thức của người dân về công tác phòng, chống dịch bệnh ở gia súc, gia cầm, dịch bệnh “lở mồm long móng” ở gia súc, bệnh tai xanh ở lợn và các bệnh truyền nhiễm khác ở gia súc. Đối với nuôi trồng thuỷ sản, tập trung chỉ đạo nông dân chuẩn bị tốt công tác vệ sinh, cải tạo ao hồ đúng kỹ thuật, hướng dẫn nuôi tôm đúng lịch thời vụ, con giống có nguồn gốc rõ ràng được kiểm dịch và qua xét nghiệm bằng kỹ thuật PCR. Các xã, thị trấn đã củng cố kiện toàn Ban chỉ đạo phòng, chống dịch bệnh gia súc, gia cầm, thuỷ sản; tổ thú y và các tổ phòng, chống dịch ở cơ sở hoạt động có hiệu quả. Công tác tiêu độc khử trùng vệ sinh môi trường được các Tổ duy trì triển khai thường xuyên. Công tác tiêm phòng cho gia súc, gia cầm, dại chó vụ Xuân 2009 đạt tỷ lệ cao so với cùng kỳ năm 2008. Tập trung lực lượng kiểm tra, chấn chỉnh việc xuất - nhập, mua bán gia súc, gia cầm và sản phẩm gia súc, gia cầm, vịt con, lợn giống tại các chợ và dọc tuyến Quốc lộ 1A, 49B và các xã tiếp giáp với huyện bạn. Công tác kiểm soát giết mổ gia súc và kiểm tra vệ sinh được tiến hành thường xuyên.
Để chủ động phòng, chống dịch bệnh cho gia súc, gia cầm và thuỷ sản (tôm, cá nuôi) tốt, với mục tiêu khống chế dịch bệnh, cải thiện phương thức chăn nuôi, góp phần phát triển và tăng cường chăn nuôi, Thường vụ Huyện uỷ đã chỉ đạo Phòng Nông nghiệp và phát triển nông thôn huyện, Trạm Thú y huyện, Công an huyện, phối hợp với UBND các xã, thị trấn tăng cường công tác kiểm tra, giám sát tình hình dịch bệnh, áp dụng các biện pháp phòng, chống đồng bộ, như tổ chức kiểm tra, kiểm soát dọc tuyến Quốc lộ 1A và Quốc lộ 49B để ngăn chặn việc nhập động vật không rõ nguồn gốc vào địa bàn; tổ chức tốt công tác kiểm dịch gà, vịt, lợn, tôm giống; kiểm soát chặt chẽ việc giết mổ gia súc ở các điểm giết mổ, đình chỉ hoạt động các điểm giết mổ không đảm bảo vệ sinh thú y và kiểm tra vệ sinh thú y đối với các quầy bán sản phẩm động vật nhằm đảm bảo vệ sinh an toàn thực thẩm cho người tiêu dùng.
Hiện tại, các xã, thị trấn chưa hoàn thành công tác tiêm phòng vụ Xuân 2009, tiếp tục đẩy nhanh tiêm phòng vắc xin cho gia súc, gia cầm; tăng cường công tác phòng, chống dịch bệnh ở gia súc, gia cầm, đề phòng dịch “cúm lợn”. Đồng thời, tăng cường các biện pháp phòng, chống dập dịch bệnh ở tôm nuôi.