Mục tiêu của chương trình nhằm thu hẹp khoảng cách chênh lệch giữa các vùng miền; đóng góp tích cực vào phát triển kinh tế - xã hội, nâng cao thu nhập của người dân, đảm bảo an ninh quốc phòng ở miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo; đạt mức tăng trưởng hàng năm về giá trị của tổng mức bán lẻ hàng hóa và dịch vụ ở địa bàn miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo giai đoạn 2015 - 2020 khoảng 10% - 20%.

Trong đó, phát triển các sản phẩm, hàng hóa có thương hiệu là đặc trưng, đặc sản, tiềm năng, lợi thế của miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo để đưa vào các chợ, siêu thị, trung tâm thương mại trong cả nước và xuất khẩu; Xây dựng hệ thống phân phối hàng hóa, cung ứng dịch vụ theo chuỗi, liên kết chặt chẽ trong quá trình kinh doanh, bảo đảm cân đối cung cầu hàng hóa, dịch vụ trên thị trường khu vực miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo; Phát triển sản phẩm, hàng hóa đáp ứng tiêu chuẩn, chất lượng tham gia hệ thống phân phối tiêu thụ trên thị trường nội địa và xuất khẩu...

Phát triển nguồn nhân lực quản lý thương mại trên địa bàn, bảo đảm 100% cán bộ quản lý thương mại thuộc đối tượng của Chương trình được đào tạo, bồi dưỡng kỹ năng, chuyên môn, nghiệp vụ về phát triển thương mại khu vực miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo; Phấn đấu mỗi năm tăng trung bình 8 - 10%  số lượng doanh nhân, doanh nghiệp có năng lực thuộc mọi thành phần kinh tế tham gia hoạt động thương mại tại địa bàn miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo giai đoạn 2015 - 2020.

Chương trình sẽ tập trung thực hiện các nội dung sau: Nghiên cứu, xây dựng và phát triển hệ thống chính sách, pháp luật đặc thù về phát triển thương mại khu vực biển và hải đảo; Khuyến khích phát triển thương nhân, các loại hình doanh nghiệp hoạt động thương mại tại miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo; Khuyến khích phát triển mặt hàng là lợi thế phát triển của miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo; Xây dựng và phát triển hệ thống dịch vụ thương mại, hoạt động đối với chợ miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo; Tăng cường năng lực cho công chức, viên chức của tỉnh, huyện, xã về phát triển thương mại miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo; Tuyên truyền, quảng bá đối với phát triển thương mại, áp dụng lồng ghép các quy định hiện hành có liên quan đối với các hoạt động trong phát triển thương mại miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo.

UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm tổ chức triển khai thực hiện trên địa bàn và huy động thêm các nguồn lực, bố trí kinh phí thực hiện các nội dung hoạt động của Chương trình thuộc trách nhiệm của địa phương; Lồng ghép các nội dung hoạt động của Chương trình này với các chương trình, đề án khác trên địa bàn để huy động tối đa nguồn lực của địa phương…