Thông tư cũng hướng dẫn, chủ phương tiện là mô tô, xe máy thực hiện khai nộp phí. Cụ thể đối với xe phát sinh từ ngày 1/1 đến ngày 30/6 hàng năm, chủ phương tiện khai nộp phí vào tháng 7 hàng năm (từ ngày 1/7 đến ngày 31/7); Còn đối với xe phát sinh từ ngày 1/7 đến ngày 31/12 hàng năm, chủ phương tiện khai nộp phí vào tháng một năm sau (chậm nhất ngày 31/1).

Các năm tiếp theo không có biến động tăng, giảm xe, chủ phương tiện thực hiện nộp phí vào tháng một hàng năm (chậm nhất 31/1) mức thu phí 12 tháng cho cơ quan thu phí.

Trong trường hợp các chủ phương tiện không nộp phí sử dụng đường bộ theo quy định, sẽ bị phạt tiền từ một đến 3 lần số tiền phí phải nộp.

Căn cứ điều kiện thực tế địa phương, UBND cấp tỉnh sẽ ra quyết định giao UBND xã, phường, thị trấn là cơ quan thu phí và chỉ đạo tổ dân phố, thôn, bản hướng dẫn chủ xe máy trên địa bàn kê khai phương tiện sử dụng và tổ chức thu phí.

Số tiền thu được, cấp phường, thị trấn được để lại tối đa không quá 10%; cấp xã được để lại tối đa không quá 20% để trang trải chi phí của việc tổ chức thu phí. Số tiền còn lại cơ quan thu phí phải nộp vào tài khoản Quỹ Bảo trì đường bộ mở tại Kho bạc Nhà nước.