Thông tư này quy định doanh nghiệp thực hiện đăng ký doanh nghiệp qua mạng điện tử sẽ được miễn phí, lệ phí. Bên cạnh đó, khi doanh nghiệp bổ sung, thay đổi thông tin do thay đổi địa giới hành chính; đăng ký giải thể doanh nghiệp, tạm ngừng kinh doanh; chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh; cơ quan nhà nước đề nghị cung cấp thông tin phục vụ quản lý nhà nước cũng được miễn phí và lệ phí.

Trường hợp tổ chức, cá nhân đăng ký doanh nghiệp hoặc sử dụng các dịch vụ cung cấp thông tin doanh nghiệp phải nộp lệ phí đăng ký doanh nghiệp hoặc phí cung cấp thông tin doanh nghiệp với mức phí, lệ phí như sau: Đăng ký thành lập doanh nghiệp, thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp, cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp: 200.000 đồng/lần. Cấp mới, cấp lại, thay đổi nội dung Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của doanh nghiệp: 100.000 đồng/lần. Cung cấp thông tin Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp; Giấy chứng nhận hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh: 20.000 đồng/lần. Cung cấp thông tin trong hồ sơ đăng ký doanh nghiệp; Cung cấp báo cáo tài chính các loại doanh nghiệp: 40.000 đồng/lần. Cung cấp báo cáo tổng hợp về doanh nghiệp (Báo cáo tổng hợp về người thành lập, quản lý doanh nghiệp trong 03 năm; Báo cáo tổng hợp về lịch sử doanh nghiệp trong 03 năm; Báo cáo tổng hợp về thông tin đăng ký doanh nghiệp mới nhất; Báo cáo thống kê về danh sách doanh nghiệp; Báo cáo tổng hợp về tình hình tài chính của doanh nghiệp trong 03 năm; Danh sách 100 doanh nghiệp theo yêu cầu; Các sản phẩm thông tin khác được xây dựng trên cơ sở chiết xuất, tổng hợp dữ liệu từ Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp): 150.000 đồng/lần. Công bố nội dung đăng ký doanh nghiệp: 300.000 đồng/lần. Cung cấp thông tin doanh nghiệp theo tài khoản từ 125 bản/tháng trở lên: 5.000.000 đồng/tháng.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2017.