Với mục đích tăng cường công tác quản lý, bảo vệ bãi giống, bãi đẻ, nguồn lợi thủy sản; tạo điều kiện thực vật thủy sinh phát triển tốt, vừa làm nơi trú ẩn an toàn vừa tạo thức ăn cho động vật thủy sinh, tôm, cá và cải thiện môi trường nước, phục hồi sinh cảnh; hướng đến chuẩn bị cho việc kết nối hình thành Khu bảo tồn đầm phá quốc gia theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ, huyện Phú Lộc đã lập hồ sơ đề xuất và đã có 08 chi hội nghề cá được UBND tỉnh giao quản lý 10 Khu bảo vệ thủy sản, với tổng diện tích bảo vệ nghiêm ngặt là 297 ha, chiếm 2,98% diện tích đầm phá (gồm: Cửa Cạn Vinh Hưng 14ha; Đập Tây - Chùa Ma Vinh Giang 35ha, Hà Nã Vinh Hiền 25 ha; Hòn Núi Quện, khe đập Làng, Ghềnh Lăng Lộc Bình 3 khu/98ha; Hòn Voi Lộc Trì 35 ha; Đá Miếu Lộc Điền 30 ha; Nam đèo Mũi Né thị trấn Phú Lộc 30ha; Đá Dầm xã Lộc Điền 30 ha). Đến nay, các hạng mục cột mốc, bảng hiệu pano đã được đầu tư đảm bảo phân định rõ ràng về không gian vùng bảo vệ để phòng chống các hành vi xâm lấn; trong năm 2015 có 07 chi hội đã đóng góp 30% kinh phí đối ứng vào Dự án VIE/033 để mua thuyền tuần tra; nâng tổng số thuyền tuần tra của chi hội hiện có là 08 chiếc; đáp ứng được nhiệm vụ tuần tra đầm phá, trách nhiệm quản lý khu bảo vệ thủy sản được tiếp tục được phát huy.
UBND huyện chỉ đạo cho các ngành chức năng phối hợp các địa phương triển khai việc giao quyền khai thác thủy sản trên đầm phá; kết quả giao được 8.665 ha/15 chi hội (gồm: Vinh Hưng 340ha/1 Chi hội; Vinh Giang 967ha/1 Chi hội, Vinh Hiền 1.376ha/3 Chi hội, Lộc Bình 1.390ha/3 Chi hội; Lộc Trì 1.080ha/2 Chi hội; Lộc Điền 2.382ha/4 Chi hội; thị trấn Phú Lộc 1.130ha/1 Chi hội) và thí điểm 02 quyền khai thác vùng ven bờ cho các Chi hội nghề cá quản lý, bảo vệ (Vinh Hải và Vinh Hiền). Nhờ vậy, gắn được trách nhiệm của chi hội nghề cá và hội viên; đã huy động sức dân tham gia quản lý tài nguyên đang từng bước tiến hành kiểm soát ngư lưới cụ.
Hoạt động phục hồi, tái tạo và phát triển nguồn lợi hải sản đã được lồng ghép với dự án VIE/033 hàng năm nhân kỷ niệm các ngày lễ lớn, như: Nghề cá Việt Nam, môi trường Thế giới, ngày Đại Dương… qua đó, hàng năm thả xuống đầm phá khoảng 5- 6 vạn con giống tôm Sú, cá Dìa và Cua.
UBND huyện đã ban hành Kế hoạch số 184/KH-UBND ngày 19 tháng 9 năm 2012 về việc tăng cường kiểm tra, kiểm soát, quản lý nghề lừ xếp trên đầm phá; trong đó, đã giao chỉ tiêu cho các xã, thị trấn giảm số lượng lừ xếp theo lộ trình đến năm 2015; đồng thời, tăng cường công tác kiểm tra tình hình vi phạm trên đầm phá trong năm từ 5 - 6 đợt tuần tra xử lý các trường hợp vi phạm ngư cụ khai thác như nghề lừ mắt lưới nhỏ hơn quy định, khai thác lưới kìm.
Nhờ làm tốt công tác bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy hải sản đã góp phần duy trì sản lượng khai thác thủy sản, ổn định thu nhập, phát triển kinh tế của người dân địa phương. Trung bình hàng năm sản lượng khai thác thủy sản toàn huyện khoảng 7.500 tấn, trong đó khai thác biển 5.700 tấn và khai thác đầm phá 1.800 tấn, tạo công ăn việc làm cho khoảng gần 10.000 lao động.