Theo Công văn này, phương pháp khấu trừ thuế được áp dụng với:

- Cơ sở kinh doanh đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ từ 01 tỷ đồng trở lên và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ, trừ hộ, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp;

- Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT dưới 01 tỷ đồng đã thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, sổ sách, hóa đơn, chứng từ;

-  Cơ sở kinh doanh mới thành lập mà khi hết năm dương lịch đầu tiên không đạt doanh thu từ 01 tỷ đồng trở lên nhưng vẫn thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ tự nguyện tiếp tục áp dụng phương pháp khấu trừ thuế…

Với những trường hợp nêu trên, nếu có nhu cầu chuyển sang áp dụng phương pháp khấu trừ thuế thì cơ sở kinh doanh gửi Tờ khai thuế GTGT (Mẫu số 01/GTGT và Mẫu số 02/GTGT) đến cơ quan thuế để kê khai thuế GTGT và đăng ký phương pháp tính thuế GTGT cho năm tiếp theo theo phương pháp khấu trừ.